Nascent Ribo-Seqは、リボソームのローディングにかかる時間を測定することで、リボソームの密度に与える影響を明らかにする

【紹介文献】

"Nascent Ribo-Seq measures ribosomal loading time and reveals kinetic impact on ribosome density"

Schott et al., Nature Methods, volume 18, pages1068–1074 (2021)

www.nature.com

【発表概要】

細胞内のmRNA翻訳効率を測定する際には、翻訳中のリボソームにロードされた断片を総mRNA量で補正します。また、新生ペプチドのプロテオミクス解析では、mRNAの発現量と比較することで、翻訳の速度を計算します。これらの手法で前提となっているのは、細胞質のmRNA量の変化が、翻訳の変化に即時反映されるということです。

もし、新たに転写されたmRNAがリボソームに取り込まれるまでに時間がかかっているとすると、翻訳中のmRNA量の変化が細胞質mRNA量の変化から遅れてしまい、解析結果に影響を与えると考えられます。

筆者らは、内在性mRNAのリボソームへのロードまでのラグを解析する手法を初めて確立したとともに、翻訳効率に対する影響を報告しましたので、その内容について紹介します。

【Summary】

Measuring the efficiency of mRNA translation in the cell, methods developed to measure translation efficiency have to take changes in mRNA abundance into account. Likewise, the assessment of protein production by nascent proteomics allows calculation of translation rates when related to mRNA abundance. A frequent assumption for such measurements is that changes in cytoplasmic mRNA abundance are instantly reflected by corresponding changes in polysomal mRNA. However, if newly transcribed mRNA needs time to be loaded with ribosomes, changes in polysomal mRNA would lag behind changes in cytoplasmic mRNA, and influence translation analysis.

The authors have established the first method to analyze the lag of endogenous mRNAs until they are loaded into ribosomes, and have reported the effect on translation efficiency.

(2021.11.25 iPark Science Cafe 98th)